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※ 本文為 MindOcean 轉寄自 ptt.cc 更新時間: 2020-02-01 09:58:43
看板 Gossiping
作者 jonsauwi (JBY)
標題 Re: [爆卦] 疑似啦,武漢肺炎病毒的RNA
時間 Sat Feb  1 05:38:55 2020


今天剛好老闆對這有興趣要我們查sequence,
所以拿起已經查的東西來對了一下發現根本對不到HIV的序列,
於是直接拿HIV-1 gp120的序列來找一下該論文裡的序列。

我用的gp120序列accession number: NP_579894.2

結果文章裡的三個insert序列中,
insert 1、insert 2完全不存在於我用的序列data裡,
insert 3有對到但大概是像下面這樣↓

NP_579894.2  104  TDLKNDTNTNSSSG  117
                  T L N+T  NSSSG
論文序列       2  TYLFNETRGNSSSG  15

identities:64%,勉勉強強但又覺得挺不像...

至於gag那個我還沒有去對。

文章裡寫說他使用的HIV-1的序列放在supp. table 1裡,
但是我找不到這個table,請問有人知道他到底用哪個序列對出來的嗎?

P.S.

我沒有任何幫中國護航的意思,
哪天中國真的要做什麼生化武器我是一點都不意外,
我只是覺得要講一句話必須有憑有據,
所以發表出來的文章都需要經得起檢驗。

平常我是很懶的人,只是剛好不小心比對了一下,
發現好像有一點疑問,所以提出來而已。

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 123.194.172.116 (臺灣)
※ 文章代碼(AID): #1UD9vnyH (Gossiping)
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1580506737.A.F11.html
GGrunrundela: 推 以免人家知道我看不懂1F 27.242.100.4 台灣 02/01 05:39
aa111405: 看不懂2F 123.193.209.236 台灣 02/01 05:40
tFDA: 這就有點扯了,但怎麼可能都要發表了,還會3F 107.242.121.15 美國 02/01 05:41
tFDA: 犯這麼低級的錯誤

我也不喜歡質疑別人的論文,
只是手上剛好有序列比對了一下卻對不到,
所以才開始有點疑問...

madeB: 我也是這麼覺得5F 202.190.23.95 馬來西亞 02/01 05:41
tryit015124: 有人想抹黑祖國!6F 8.37.43.201 日本 02/01 05:42
ruthertw: 難道該table被河蟹了嗎?抖,害怕中...7F 114.136.87.225 台灣 02/01 05:42
lorena409: ???8F 111.252.65.227 台灣 02/01 05:42
amordelcor: ...9F 114.136.13.111 台灣 02/01 05:44
snow3804: 那現在我應該相信誰10F 1.162.128.240 台灣 02/01 05:44
han512: 先高調推 免得我看不懂11F 61.223.58.102 台灣 02/01 05:45
extremee: 推,只能靠多一些專業的人去驗證了12F 74.113.164.50 美國 02/01 05:45
G888888: 跟我想的一樣13F 180.217.158.114 台灣 02/01 05:47
gn00399745: 學術論文不嚴謹的很多 所以才要審查14F 39.9.172.95 台灣 02/01 05:47
gn00399745:  這篇是還沒過審的吧 有很多問題也正
gn00399745: 常
aljinn: 上面某些人反應比病毒專業知識還難理解吧17F 27.242.62.194 台灣 02/01 05:48
joywilliamjo: 純推,拜託打我臉,我還想去看電影18F 180.217.248.9 台灣 02/01 05:49
joywilliamjo: 不戴口罩幹= =
mesenchymal: bioRixv就是平台給你放非正式投稿20F 143.48.85.134 美國 02/01 05:54
mesenchymal: 所以正確度跟嚴謹度跟正式發表的有
sarsman: 推推22F 61.230.0.235 台灣 02/01 05:56
mesenchymal: 段距離是正常的23F 143.48.85.134 美國 02/01 05:56

我只覺得,都是發表的東西,你好歹也要有個87%像才講那些話,
這樣就算我沒有對到完全一樣的東西,
我也會覺得可能我查到的序列是經過變異的。

但是insert 1和insert 2現在是連對都對不到,
(這是文章裡宣稱HIV-1 gp120上面的序列)
那就有點奇怪了...

除非有人可以找到他使用的序列accession number,
否則我有點懷疑這篇作者是不是挺故意的...

autechre: reddit上有鄉民打臉阿三研究惹24F 118.166.1.194 台灣 02/01 05:56
autechre: 看不懂 https://tinyurl.com/ummc8xg
Daily General Post - Jan. 31, 2020 | Questions, images, videos, comments, unconfirmed reports (Weibo / social media) : China_Flu
[圖]
r/China_Flu: In December, a novel coronavirus strain (2019-nCoV) emerged in the city of Wuhan, China. This subreddit seeks to monitor the spread of … ...

 
amordelcor: 喔26F 114.136.13.111 台灣 02/01 05:57
qaz123505: 剛查了一下這篇發表在bioRxiv上…27F 101.9.140.221 台灣 02/01 05:57
qaz123505: 笑話居多
gn00399745: 看來我可以安心去睡了29F 39.9.172.95 台灣 02/01 06:00
nanako81240: 笑話嗎 那我也要去睡啦~30F 123.110.30.166 台灣 02/01 06:01
wupaul: 怕31F 42.74.153.14 台灣 02/01 06:05
tFDA: 阿三真夠扯的32F 107.242.121.15 美國 02/01 06:10
meokay: 那我也要去睡啦33F 42.73.255.132 台灣 02/01 06:12
pewpewpewpew: 那我也要睡啦34F 223.136.134.48 台灣 02/01 06:13
l6l6au: 謝謝讓我今晚可以安穩睡覺35F 36.226.179.111 台灣 02/01 06:13
l6l6au: 喔不 已經早上了
lianpig5566: 感謝信心加持 可以睡了37F 39.9.166.181 台灣 02/01 06:14
lianpig5566: 幹 天亮了
wsx26997785: 阿三搞笑喔  又被吹牛逼給騙了39F 111.252.254.71 台灣 02/01 06:15
samnpc: 上面噓的是......40F 61.223.14.128 台灣 02/01 06:16
TheM9dada: https://i.imgur.com/Qj2ypAa.jpg41F 36.230.161.231 台灣 02/01 06:17
[圖]
 
joywilliamjo: 那我也要睡啦,幹嚇到天亮42F 180.217.248.9 台灣 02/01 06:17
ivan710110: 推科學!43F 101.12.52.244 台灣 02/01 06:17
TheM9dada: https://i.imgur.com/jBPHmkV.jpg44F 36.230.161.231 台灣 02/01 06:17
[圖]
 

文章裡武漢肺炎病毒2019-nCoV spike protein的序列沒有問題,
我主要的問題是我無法在HIV-1 gp120裡面找到那些序列。
※ 編輯: jonsauwi (123.194.172.116 臺灣), 02/01/2020 06:22:10
bomnker: 推 科學研究本來就要很謹慎45F 131.151.114.125 美國 02/01 06:22
s09371703: 上靠北生科發文啊?46F 172.58.139.0 美國 02/01 06:23
kumos: 推個47F 180.217.85.25 台灣 02/01 06:25
whitecygnus: 路人還是等上升幾層再來關注好了48F 64.124.137.130 美國 02/01 06:29
Overpowered: 跟我想的一樣49F 101.15.201.15 台灣 02/01 06:30
nagi85469: insert2 ALB06757.1 thknnkseif50F 27.52.41.160 台灣 02/01 06:31

謝謝,補充下面supray板友找到的Accession number:

insert 1 : AFU28737.1
insert 2 : ALB06757.1
insert 3 : ACL98861.1
insert 4 : AKR75206.1

姑且不論insert 4,前三個用的都是不同序列啊...


※ 編輯: jonsauwi (123.194.172.116 臺灣), 02/01/2020 06:38:21
qkenny: 簡單來說就是太短 連folding 能否bind都不51F 95.91.235.119 德國 02/01 06:42
qkenny: 知道,用標題來吸眼球
jhkujhku: 推53F 166.177.187.201 美國 02/01 06:45
grandwar: 推54F 36.238.34.151 台灣 02/01 06:50
ching620: 推55F 114.136.97.84 台灣 02/01 06:55
Queenie7: 在這種時刻還敢丟出這種data,是想要被56F 39.11.163.162 台灣 02/01 07:02
Queenie7: 電得飛高高嗎
x94fujo6: 論文無法重現不是很正常嗎 (?58F 114.33.176.49 台灣 02/01 07:02
hyde711034: 推推 我也是這麼想59F 219.71.105.123 台灣 02/01 07:04
b18902040: 寄e-mail去問(嗆)一下發文的人阿。如60F 124.218.46.225 台灣 02/01 07:09
b18902040: 果太垃圾或是有疑問,這不就是學術領
b18902040: 域嗎?
lorena409: 風向真亂63F 111.252.65.227 台灣 02/01 07:11
ohmylove347: 希望不是…64F 49.217.99.23 台灣 02/01 07:14
uini: 推一下,連學術界都有各種風向,先觀望65F 36.230.108.157 台灣 02/01 07:16
ashura1234: 先推66F 107.220.69.28 美國 02/01 07:25
Wand 
Wand: 幹,不要嚇人67F 1.170.70.145 台灣 02/01 07:45
dahIia: 全民定序定起來68F 42.74.27.178 台灣 02/01 07:48
WuDhar: 不然反過來問,如果我要做生化武器,69F 180.177.58.11 台灣 02/01 07:48
WuDhar: 肺炎+愛滋病毒是不是好選擇
NukAnah: 真的看不懂qq71F 223.137.182.3 台灣 02/01 07:57
visviva: 推查證72F 112.104.85.37 台灣 02/01 07:58
r5566ex: 推定序73F 42.74.4.159 台灣 02/01 07:59
ljh2217: 推推74F 42.76.153.15 台灣 02/01 08:28
LaoDa5815566: 發表的期刊分數很低是嗎?75F 101.13.229.183 台灣 02/01 08:35
harrishu: 嗯嗯跟我想的一樣76F 101.12.100.73 台灣 02/01 08:41
ePaper: 嗯 我看不懂77F 111.248.18.10 台灣 02/01 08:41
xhung: 噓的人是在想啥?78F 114.136.158.19 台灣 02/01 08:54
MissFaye: 嗯嗯 剛剛我在想早餐吃什麼79F 118.232.223.218 台灣 02/01 08:56
FINe0928: 這件事可以很單純但好像也不單純80F 223.136.28.49 台灣 02/01 09:02
EvilKnight: 有查證先推81F 220.136.83.205 台灣 02/01 09:13
pipiayin: 有查的幫推82F 114.136.86.77 台灣 02/01 09:30
yeh0416: 有沒有鄉民版本的翻譯一下嗚嗚 我只知道A83F 223.137.77.210 台灣 02/01 09:34
yeh0416: TCG
chucky: 原來印度仔在唬爛!!!85F 110.50.137.211 台灣 02/01 09:39
YOOI: 怎麼好像這篇很厲害86F 114.32.210.239 台灣 02/01 09:40

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