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可能生科畢業的大家，都在忙著賣雞排
結論錯的這麼離譜的文章
不只被推爆還沒人出來反駁
只好由我這個已經幾年沒做分子演化的小科科來打臉你了

※ 引述《rrr518 (小籠包獵人)》之銘言：
: 大家安安
: 今天再來說說病毒的故事吧~
: 先說結論
: 新聞標題中武漢病毒所倒是對的
: 你們人類的智慧很難做到
: 大家先不要生氣
: 慢慢看 XDDDD

: SARS-COV病毒呢
: 有好多個基因
: 其中一個基因叫做 Spike protein (S)
: S基因就是靠著這個RBD
: 來附著或者進入細胞裡面
: 經過分析後
: 我們發現了一件事情
: 武漢病毒上的RBD裡面
: 有6個非常重要的位點
: 而這6個重要位點中
: 有5個跟SARS不一樣
: 而正式這6個位點的關係
: 讓武漢病毒比SARS更容易跟你們人類的受器ACE2結合
: 但是!!! BUT!!! 霸特!!!
: 這6個位點
: 對你們人類來說是新發現
: 意思就是 以前的研究中
: 無論是發現還是
: 都不是你們人類認知中的最佳位點
: 換句話說就是這6位點根本在人類的認知之外
: 但偏偏出現在武漢病毒上
: 而且效果十分顯著!!!
: 因此我相信人類的智慧是不可能設計出來的
: 最一開始人造論就這樣被打臉臉
: 但是總要有個源頭對吧~
: 所以中國開始找各種動物背鍋
: 首先當然找上背鍋王蝙蝠先生
: 因此找到了RaTG13病毒
: 但是人類研究一下後覺得
: 機率不是很大啊 很多地方都不太對勁
: 所以當時齁
: 咱潘老師在
: 「R: [問卦] 台灣專家潘懷宗確認武漢病毒來自美國」
: 提到的圖　裡面就用這隻病毒作為祖先在那邊講
: 除了方法有問題之外　那隻病毒的確也無辜
: 有興趣的可以去看看文章
: https://rrr518ptt.blogspot.com/2020/03/r.html
: 同樣的錯誤也發生在 PNAS期刊上的論文
: Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
: 這篇也是來搞笑的
: 有位知名的病毒學家如此評論
: 「There are many things that are terribly wrong about this paper. Both in its
: content, findings and route to publication.」
: 簡單來說就是錯誤百出，不值一提，去切腹自殺ㄅ
: 接下來呢
: 各種動物都出爐啦～
: 除了大家熟悉的穿山甲之外
: 其實也出現過 果子狸(又是果子狸 XDDD)
: 還有蛇、各種龜龜(海龜、錦龜、鱉都被點名啦～)
: 只有你想不到 沒有中國講不到!!
: 反正講來講去
: 大家發現一個事情
: 在穿山甲身上的病毒有不可思議的「巧合」
: 簡單來說就是穿山甲身上發現的病毒
: 他的S基因 跟 武漢病毒 的S基因相似度非常高!!
: 甚至在RBD上更高!!!
: 所以中國馬上有研究跳出來說
: 齁齁!!
: 就是穿山甲病毒跟某隻冠狀病毒重組(recombination)
: 所謂的重組 簡單來說就是
: https://i.imgur.com/20Afnz0.jpg
: 某段片段互相交換惹!!
: 而研究也發現
: 穿山甲在RBD上的區域
: 有5個位點都符合武漢病毒的那個重要位點
: 這似乎坐實了跟穿山甲病毒發生重組
: 可憐的穿山甲要因此背鍋惹QQQQQQ


以上到這邊，你的文章基本上沒有問題
但是從下面開始
你不只把你附的第八篇paper讀錯了
還在那邊撿大白菜挑自己要的
瞎掰暗示人工製造重組病毒的可能性

: 但後來有個研究發現一件事情
: 大家看看我剛剛畫的圖唷
: 如果是重組的情況下
: 會是整個片段一起交換
: 病毒交換片段才不會挑三揀四
: 這個我不要 那個我要
: 又不是菜市場挑菜 XDDDDDD
: 所以問題就來惹
: 在S基因上
: 武漢病毒跟穿山甲病毒的dn/ds = 0.068/0.651
: 但是S基因裡面的RBD的dn/ds = 0.023/0.710
: 這個數據很有意思
: dn代表 會改變功能的突變
: ds代表 不改變功能的突變
: 這邊我們光想一件事情就好了
: 如果說 真的是重組
: 那麼整段交換後
: 照理來說比例上是不會改變的
: 但是這邊觀察到
: 改變功能突變有變化
: 而不改變功能的突變卻改變很小
: 這個....... XDDDDDD
: 又不是撿大白菜~~~~~
: 這個情況有兩種可能
: 第一種是
: 病毒已經在你們人類的圈子流行非常非常久
: 只是突然有一隻病毒學壞惹
: 突然大爆發
: 這個只要去看看以前保存的檢體有沒有就知道惹
: □ [新聞] 陸媒再揭內幕：官方曾令停檢並銷毀武漢病
: https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1582796735.A.1AB.html
: 第二種
: 有人在挑大白菜
: 這個撿撿那個撿撿
: 組裝起乃!!! 蹦~
: 就這樣~
: 所以人類的確想不到
: 但是
: 那隻穿山甲病毒看起來不錯呢......
: [1] The proximal origin of SARS-CoV-2
: [2] Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the
:     COVID-19 Outbreak
: [3] Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
: [4] Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus
:     from Malayan Pangolins
: [5] Evidence of recombination in coronaviruses implicating
:     pangolin origins of nCoV-2019
: [6] Receptor-binding domains of spike proteins of emerging
:     or re-emerging viruses as targets for development of
:     antiviral vaccines
: [7] Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation
: [8] The origin and underlying driving forces of the SARS-CoV-2 outbreak

你附的第八篇參考文獻，原文是在說

假設武漢病毒spike基因中的RDB序列
是從穿山甲病毒的RDB序列重組過去的
而且是最近才發生的
那這兩段RDB序列間ds應該要很低
（因為才剛從穿山甲序列搬家過去，沒有時間累積變異，序列累積變異需要時間）

而且要比武漢病毒和穿山甲病毒間
在其餘spike序列間（不包含RDB）的ds還低
（因為是他們本來就各自擁有的序列，理應有長時間累積變異）

但是實際上結果剛好相反
在ds 0.710>0.651（ds RDB間>spike除了RDB以外的序列）
顯示武漢的RDB序列
應該不是最近從穿山甲重組過來的
因為完全不符合上面假設的結果

綜合其他分析



他們目前推論的假說是，有可能在很久以前（可能40年）
穿山甲病毒和武漢病毒，就發生過基因組間重組，所以兩邊都有了RDB序列

然後RDB上重要功能的序列被演化保留下來
同時持續累積不影響RDB功能的ds變異
所以才會有一樣的抗原結合位
同時又累積了大量的ds（0.71>0.651)

根本就不是你最後面
在那邊胡扯的大白菜假說好嘛


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