面對南部豪雨成災，行政院長卓榮泰29日南下雲嘉南勘災時宣布，政府將編列6年1000億元跨年度治水預算，就是要補過去8年800億、6年600億前瞻治理建設不足之處，並強調看到大家樂觀面對災後復建，愈覺得心頭沉重，政府不能因為人民自己努力樂觀，就覺得好像可以在旁邊當啦啦隊，「政府不能是啦啦隊！」

728豪雨狂炸，台南、嘉縣、雲林多處淹水災情慘重，連台積電嘉義先進封裝廠工區也泡水，卓榮泰昨南下勘災，藍委王育敏、綠委蔡易餘、白委張啓楷都到場。卓表示，系統性治水要透過逕流分擔、出流管制、在地滯洪來治水，就地取得土地作滯洪用，政院將推動6年1000億跨年度治水計畫，彌補過去8年800億、6年600億前瞻治理建設在源頭與末端的缺口，達成「淹水最小、退水最快、最高安全標準」的3大目標，不管多久都要面對它，請立委支持。卓也在視察台南市白河區甘宅橋一帶時，指示將甘宅橋改建優先納入6年1000億元治水預算中。

藍委張嘉郡指出，原則上支持政院6年1000億元治水計畫，但1000億元恐不足以全面解決問題，政府應提出中長期計畫因應氣候變遷，勿頭痛醫頭、腳痛醫腳，真正解決水患才能讓民眾免於水災。她建議政院針對雲嘉南等高風險區域增列專款，避免資源分散，另簡化治水預算核定程序。

張啓楷則表示，過去8年800億元花這麼多錢、這麼長時間，結果還是淹水，確實有些治水工作不完善，應檢視過去績效，中央、地方都要提出完整治水計畫並加速執行，而非漫天喊價。

經濟部水利署指出，0728豪雨是短延時強降雨，嘉義六腳6小時累積327毫米，已超過100年重現期距；台南後壁6小時累積328毫米，已超過25年重現期距，均已高於區域排水10年重現期距保護標準。

另外，卓揆視察雲林災情時，綠委劉建國指中央大力支持地方，地方要趕快建設完成，否則應究責問題出在哪？雲林縣長張麗善當場回嗆，指沿海之所以會淹水，就是因為經費未到位，在場立委做最久的就是劉，劉跟中央關係比較好，卻一直檢討縣府。