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肯塔基州邦聯政府是美國南北戰爭期間肯塔基州部分支持南方邦聯的居民自發組建的影子政府。這個影子政府自始至終都沒有取代州首府法蘭克福的民選政府，後者強烈支持北方聯邦。邦聯政府只爭取到肯塔基州部分居民支持，其管轄範圍僅限於南方聯軍在州內占領的區域。不過，這個臨時政府得到美利堅聯盟國承認，肯塔基州也在1861年12月10日加入南方邦聯。鮑靈格林成為肯塔基邦聯州的首府。由於受到軍事局勢的影響，臨時政府存在的大部分時間裡都跟隨著田納西軍四處流亡而運作。臨時政府一共選出兩任州長。